Genética de españoles e hispanoamericanos

Quote:

Originally Posted by Damião de Góis

Quais são os vossos resultados para a datasheet "Global25 datasheet modern scaled" (4º link a contar do fim)?

http://eurogenes.blogspot.com/2019/0...obal25_12.html

Depois tentem Aggregate Yes ou No, a diferênça não é muita mas com Yes fica mais legível.

Têm algo sem sentido como eu? :confused:

Target: Gil_Vicente
Distance: 0.4299% / 0.00429911
17.6 Irish
12.2 Spanish_Andalucia
12.0 Basque_French
10.8 Sardinian
9.0 Swiss_French
7.8 French_Corsica
4.6 Spanish_Galicia
4.0 Italian_Aosta_Valley
3.8 Belgian
3.6 Italian_Campania
2.2 Moroccan_South
2.0 Mandenka
1.8 Moroccan_North
1.8 Dutch
1.6 Iraqi_Jew
1.2 Spanish_Penedes
1.0 Spanish_Girona
0.8 Spanish_Canarias
0.6 Iranian_Lor
0.6 Iranian_Mazandarani
0.6 Papuan
0.4 Iranian_Jew

Target: Endovelicus_scaled
Distance: 0.3599% / 0.00359924
17.6 Portuguese
13.0 Spanish_Eivissa
7.0 Spanish_Galicia
6.4 BedouinB
6.2 Basque_Spanish
6.0 Spanish_Navarra
5.6 Spanish_Mallorca
5.6 Spanish_Penedes
5.2 French_Auvergne
4.8 German
4.6 Basque_French
3.8 Sardinian
2.8 Spanish_Barcelones
2.2 Esan_Nigeria
2.0 Irish
1.8 Dutch
1.6 Berber_MAR_ERR
1.4 Spanish_Menorca
1.0 Egyptian
0.8 Moroccan_South
0.4 Mbuti
0.2 Spanish_Peri-Barcelona

Target: Endovelicus_scaled
Distance: 0.9402% / 0.00940158 | ADC: 0.25x
39.2 Spanish_Canarias
18.8 Spanish_Menorca
15.8 Portuguese
12.4 Spanish_Eivissa
6.6 Spanish_Barcelones
1.6 French_Provence
1.2 Esan_Nigeria
1.0 Belgian
1.0 Egyptian
1.0 Spanish_Navarra
0.8 French_Auvergne
0.6 Libyan

Code:

Distance to: Endovelicus_scaled 0.02452146 Spanish_Canarias:CAN956 0.02675684 Portuguese:EBC_Portugal12 0.02698153 Spanish_Canarias:HG01694 0.02786214 Spanish_Extremadura:HG01527 0.02859786 Spanish_Extremadura:HG01509 0.02930387 Spanish_Galicia:HG01704 0.02958276 Spanish_Canarias:CAN11 0.03023284 Spanish_Canarias:CAN12 0.03101439 Spanish_Andalucia:AND86 0.03116706 Spanish_Castilla_Y_Leon:HG01501 0.03139380 Portuguese:EBC_Portugal7 0.03160617 Portuguese:EBC_Portugal10 0.03183564 Spanish_Canarias:CAN1220 0.03184663 Spanish_Canarias:CAN884 0.03187895 Spanish_Andalucia:HG01623 0.03204694 Spanish_Andalucia:AND77 0.03227587 Spanish_Galicia:GAL8 0.03237256 Portuguese:EBC_Portugal9 0.03253587 Spanish_Menorca:FER054 0.03254983 Portuguese:Portugal6 0.03299299 Spanish_Andalucia:HG01620 0.03338011 Spanish_Andalucia:AND2 0.03347340 Spanish_Canarias:CAN9 0.03352572 Portuguese:Portugal9 0.03360065 Portuguese:Portugal8

Code:

Target: Viriato_scaled Distance: 1.4861% / 0.01486100 | ADC: 0.25x 29.2 Spanish_Asturias 29.0 Spanish_Castilla_Y_Leon 20.0 Italian_Liguria 17.8 Spanish_Andalucia 2.4 Berber_Tunisia_Chen 1.6 Balochi

Code:

Distance to: Viriato_scaled 0.02025617 Spanish_Andalucia 0.02098579 Spanish_Castilla_Y_Leon 0.02304137 Spanish_Galicia 0.02367662 Portuguese 0.02576491 Spanish_Extremadura 0.02644135 Spanish_Castilla_La_Mancha 0.02671431 Spanish_Eivissa 0.02685793 Spanish_Valencia 0.02733046 Spanish_Menorca 0.02743867 Spanish_Alacant 0.02750163 Spanish_Murcia 0.02759535 Spanish_Asturias 0.02907036 Spanish_Terres_de_l'Ebre 0.03063586 Spanish_Cataluna 0.03071827 Spanish_Baleares 0.03077932 Spanish_Aragon 0.03141076 Spanish_Barcelones 0.03169606 Spanish_Mallorca 0.03191545 Spanish_Pirineu 0.03237235 Spanish_Camp_de_Tarragona 0.03299895 Spanish_Peri-Barcelona 0.03384753 Spanish_Lleida 0.03402434 Spanish_Girona 0.03419969 Italian_Liguria 0.03478890 Spanish_Penedes

Quote:

Originally Posted by Damião de Góis

Quais são os vossos resultados para a datasheet "Global25 datasheet modern scaled" (4º link a contar do fim)?

http://eurogenes.blogspot.com/2019/0...obal25_12.html

Depois tentem Aggregate Yes ou No, a diferênça não é muita mas com Yes fica mais legível.

Têm algo sem sentido como eu? :confused:

Target: Gil_Vicente
Distance: 0.4299% / 0.00429911

Target: gixajo_scaled
Distance: 0.5609% / 0.00560858
25.8 Basque_Spanish
10.4 Spanish_Galicia
9.4 Dutch
9.2 Spanish_Peri-Barcelona
8.8 French_South
7.8 Basque_French
7.4 Sardinian
5.0 Portuguese
4.2 Spanish_Andalucia
4.0 Berber_Tunisia_Sen
3.6 Polish
3.0 French_Occitanie
0.8 German
0.2 Ju_hoan_North
0.2 Koinanbe
0.2 Yemenite_Mahra

Não sei se a folha de dados é para calcular resultados ou para ter todas as amostras agrupadas num único ficheiro.

Os resultados são estranhos, sim.

Edit: AGGREGATE : NO

Target: gixajo_scaled
Distance: 0.5615% / 0.00561514
21.8 Basque_Spanish:BAS32
10.2 Spanish_Galicia:GAL20
9.6 Spanish_Peri-Barcelona:ROS008
9.0 Dutch:Netherlands22
9.0 French_South:SouthFrench1323
8.2 Basque_French:HGDP01359
5.8 Sardinian:HGDP01078
5.4 Portuguese:Portugal1
4.0 Spanish_Andalucia:AND46
3.8 Berber_Tunisia_Sen:BerSF7
3.6 Polish:Polish7
3.4 Basque_Spanish:BAS28
3.4 French_Occitanie:T_57
1.2 Sardinian:HGDP01066
0.8 German:German38
0.4 Yemenite_Mahra:Y312
0.2 Ju_hoan_North:A_Ju_hoan_North-5
0.2 Koinanbe:GS000035255

Os resultados são estranhos porque o G25 são coordenadas de PCA, se adicionarmos centenas de samples sem qualquer penalidade ele por default irá tentar encontrar aproximações a todo o tipo de amostras, independentemente de termos herança genética dessas regiões.

Quote:

Originally Posted by Damião de Góis

Ok, 0.25X sempre fez diferença:

Target: Gil_Vicente
Distance: 0.8114% / 0.00811402 | ADC: 0.25x
43.0 Spanish_Andalucia
16.8 Italian_Aosta_Valley
8.8 Spanish_Alacant
8.4 Spanish_Canarias
6.8 Spanish_Barcelones
6.0 Spanish_Mallorca
3.6 Spanish_Galicia
2.8 Portuguese
2.4 Belgian
0.8 Esan_Nigeria
0.4 Italian_Campania
0.2 Papuan

Sem penalidade os teus resultados são completamente fora.

Quote:

Originally Posted by Brás Garcia de Mascarenhas

Os resultados são estranhos porque o G25 são coordenadas de PCA, se adicionarmos centenas de samples sem qualquer penalidade ele por default irá tentar encontrar aproximações a todo o tipo de amostras, independentemente de termos herança genética dessas regiões.

pese embora que sem penalidade os meus resultados não são assim tão estranhos. Como foram os teus resultados sem penalidade?

Quote:

Originally Posted by PT Tagus

pese embora que sem penalidade os meus resultados não são assim tão estranhos. Como foram os teus resultados sem penalidade?

Code:

Target: Viriato_scaled Distance: 1.2258% / 0.01225780 33.2 Spanish_Pais_Vasco 18.6 Spanish_Asturias 17.6 Italian_Liguria 9.6 Berber_Tunisia_Chen 7.0 Italian_Lombardy 4.8 Sardinian 3.6 Balochi 3.2 Lithuanian_VZ 2.2 Lithuanian_PZ 0.2 Koinanbe

Curioso que vocês todos tenham distâncias bem abaixo de 1% e eu não.

Já agora, diferença não tem acento. Enganei-me naquele post atrás.

Target: gixajo_scaled
Distance: 0.7636% / 0.00763625 | ADC: 0.25x
17.0 Spanish_Peri-Barcelona
14.0 Portuguese
13.2 French_South
11.4 Spanish_Castello
11.0 Basque_Spanish
10.0 Spanish_Galicia
8.4 French_Occitanie
6.2 Spanish_Barcelones
6.2 Spanish_Valencia
2.6 Spanish_Mallorca

Distance to: gixajo_scaled
0.01950974 Spanish_Castilla_Y_Leon:HG01506
0.02062329 Spanish_Cantabria:HG01513
0.02086292 Spanish_Aragon:HG01673
0.02144147 Spanish_Extremadura:HG01510
0.02219181 Spanish_Navarra:Navarra1
0.02276497 Spanish_Eivissa:EIV014_2
0.02287657 Spanish_Penedes:FER023
0.02309047 Spanish_Cantabria:HG01679
0.02360072 Spanish_Pirineu:GRA029
0.02424015 Spanish_Catalunya_Central:SOL051
0.02438934 Spanish_Castello:SAB019
0.02446617 Spanish_Aragon:HG01675
0.02447669 Spanish_Cantabria:HG01512
0.02513818 French_Auvergne:C_21
0.02542444 Spanish_Pirineu:FER101
0.02572752 Spanish_Eivissa:EIV013_2
0.02576538 Spanish_Castello:PIT001
0.02578495 Spanish_Aragon:HG01676
0.02581134 Spanish_Peri-Barcelona:ROI042
0.02588615 Basque_French:HGDP01364
0.02591149 French_Occitanie:T_90
0.02595363 Spanish_Cataluna:HG01537
0.02602345 Spanish_Castilla_La_Mancha:HG01504
0.02608425 Spanish_Penedes:SAB014

Quote:

Originally Posted by Brás Garcia de Mascarenhas

Code:

Target: Viriato_scaled Distance: 1.2258% / 0.01225780 33.2 Spanish_Pais_Vasco 18.6 Spanish_Asturias 17.6 Italian_Liguria 9.6 Berber_Tunisia_Chen 7.0 Italian_Lombardy 4.8 Sardinian 3.6 Balochi 3.2 Lithuanian_VZ 2.2 Lithuanian_PZ 0.2 Koinanbe

Curioso que vocês todos tenham distâncias bem abaixo de 1% e eu não.

melhor com penalidade

sim, as distâncias são consideravelmente baixas.