Genética de españoles e hispanoamericanos

Yo voy comentando aquí los métodos y lso problemas que me voy encontrando, por si alguno de vosotros ve clara la solución y por si os encontráis los mismos problemas y dudas que yo.

Pensaba hacer todo por mi cuenta y publicar mis samples finales cuando estuvieran terminados, pero creo que exponer el proceso en todos sus pasos es incluso más interesante que simplemente poner unos samples ya terminados. Así aprendemos todos, especialmente yo.

Hacer medias de todas las poblaciones X creo que es un poco perder el tiempo, porque mi idea es que lso average son precisamente las medias de las muestras individuales, osea que ya está hecho, y si hay diferencias entre unas y otras, se debe a que los datasheet de unos y otros están desacompasados en la actualización. Igual estoy equivocado, pero es la impresión que me da.

Por eso tiendo a usar averages generales, y no las muestras individuales. Aunque a veces, sobre todo al principio, también las usaba.

No sé que pensáis sobre esto.

Luego sigo, voy a comer.

Quote:

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Originally Posted by Defcon2

No son outliers, es normal que alguna muestra individual se solape con otras y para captar la variedad genética regional es necesario ponerlas. Si no mira a Spaniard que se solapa con los irlandeses pero es español. ¿Dónde le pondrías a él?

Basarse solo en distancias no me parece muy idóneo.

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Ya, estictamente no es un outlier, usé esa expresión como sinónimo de que se escapa de la norma.En la península, aún siendo individuos nativos hay diversidad en cada zona, y es fácil que hasta en extremos de ella, haya individuos que se solapen en sus genéticas.

Quote:

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Originally Posted by gixajo

Ya, estictamente no es un outlier, usé esa expresión como sinónimo de que se escapa de la norma.En la península, aún siendo individuos nativos hay diversidad en cada zona, y es fácil que hasta en extremos de ella, haya individuos que se solapen en sus genéticas.

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Estoy seguro que con la cantidad de muestras que hay del este ibérico se puede representar gran parte de la variedad de toda la peninsula, eso también ayuda a los occidentales a solaparse.

Quote:

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Originally Posted by Defcon2

Estoy seguro que con la cantidad de muestras que hay del este ibérico se puede representar gran parte de la variedad de toda la peninsula, eso también ayuda a los occidentales a solaparse.

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Se supone que las muestras antes de ponerse en los datasheet son seleccionadas para representar lo más fielmente a la población original y nativa de cada lugar, por supuesto que hay variaciones, pero en teoría deberíamos ser capaces de poder diferenciar al menos dos samples extremos de población occidental y oriental de la península que nos permitan discriminar estos dos orígenes aproximadamente.

Al menos cabría esperar que hubieran sido hasta cierto punto rigurosos al hacer los datasheet con samples así seleccionados. Poniéndome a mí de ejemplo, aunque haya nacido en el País Vasco, yo no soy representativo como vasco, siendo realista mi adn podría ser medianamente representativo de alguna zona periférica a la región vasca.


Hemos visto todos como en teoría, las diferencias genéticas de la península son mayores entre Este-Oeste, aunque con muchos matices y especificidades, esa generalidad debería manifestarse de algún modo en los g25.

Obviamente lo más fácil de discriminar es el componente vasco, con ese no deberíamos tener problemas, aunque haya poblaciones que puedan interferir con él, como muchas regiones que rodean esa región. pero basta con no incluir al hacer nuestros samples Western y Eastern ningún sample cercano al País Vasco es relativamente fácil de aislar.

O no, ya veremos.:rolleyes:

Estaba pensando que igual la influencia vasca podría ser un elemento diferenciador para discriminar la genética Este-Oeste ? Se me acaba de ocurrir ahora...¿Qué pensáis?

Ya siento el coñazo que estoy dando...:picard2:

Por cierto, recibí respuesta de MH al email que envié :

Quote:

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S**** (MyHeritage)
June 1, 2020 3:39 PM (UTC+03:00)
Dear Mr. *****,

Thank you for contacting us. My name is S****i, and I'd be happy to assist you.

I understand that you sent DNA samples MH****** & MH****** to the lab on April 30th, and you haven't heard from the lab.

We have a 6-week policy. Meaning that it can take up to 6 weeks since sending your samples to the laboratory until it is scanned.

Let's give it one more week. If you don't hear from the lab in one week's time then it would appear that your DNA kits have most likely been lost in transit. Issues such as these can be extremely frustrating and I apologize for the inconvenience. MyHeritage has very little control over how the postal service delivers your kit, and in some cases, items may be lost or delayed for various reasons.

In any case, if you do not hear from the lab in a week's time, please reply back to this email verifying your shipping address as I would like to arrange for two free replacement kits to be sent out to you.

Your full name:
Street name:
Apartment/house number:
City:
County/State:
Postcode:
Phone number:

Thank you for your patience.
If you have any further questions, please feel free to reply to this email and I'll get back to you as soon as possible.
Wishing you a lovely week.

Kind regards,
S****i
MyHeritage Support Team

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Bueno, éstas son los samples que hice:

Code:

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Basque_A,0.129400,0.151363,0.056592,0.009969,0.055369,0.001684,-0.001497,0.002219,0.029901,0.042217,-0.006567,0.010430,-0.021605,-0.014950,0.016526,-0.000228,-0.010023,0.002891,-0.000104,-0.003690,0.008894,0.000847,-0.007353,-0.008318,0.004371
Basque_B,0.129980,0.151218,0.056729,0.010916,0.056997,0.001317,-0.002363,0.001867,0.030979,0.043402,-0.006901,0.010974,-0.021877,-0.016393,0.015582,0.000896,-0.008863,0.002900,-0.001266,-0.002242,0.009474,0.002486,-0.007764,-0.009103,0.004721
Western_Iberia_A,0.105635,0.147286,0.034534,-0.002808,0.083067,-0.003419,-0.003868,0.011839,0.025139,0.030482,-0.001017,0.006233,-0.011671,-0.011756,0.010056,0.001105,-0.001739,-0.002090,-0.006086,0.0000860,0.0016300,-0.0036560,-0.0000890,-0.0019520,0.000666
Western_Iberia_B,0.1059749,0.14389121,0.03570005,-0.00442911,0.0411317,-0.00399821,-0.00373312,0.0027618,0.0249777,0.0283415,-0.0007001,0.00755231,-0.01198001,-0.0111856,0.0124442,-0.0004008,-0.00113155,-0.000910169,-0.0058101,-0.000245201,0.00113802,-0.00256878,0.00130049,-0.00113333,-0.00009061
Western_Iberia_C,0.102371,0.14599836,0.03839654,-0.001609,0.03899084,-0.00194992,-0.00259015,0.00669191,0.02371925,0.0289806,-0.00097474,0.0046501,-0.009812,-0.00449542,0.01059016,-0.008751,-0.0151195,0.0007601,-0.00553231,-0.00175110,0.0043702,-0.00123745,0.0030881,-0.00549543,0.00319898
Western_Iberia_D,0.102441,0.145094,0.036345,-0.001454,0.039276,-0.000802,-0.002850,0.000692,0.026026,0.031231,-0.002395,0.008542,-0.011354,-0.011526,0.010943,-0.004293,-0.007383,-0.000350,-0.006128,-0.004971,0.002308,-0.003849,0.000786,-0.003223,0.00000102
Western_Iberia_E,0.09898026,0.14598236,0.03170178,0.001938,0.03908402,-0.00140014,-0.0042311,-0.00323121,0.024499543,0.03479807,-0.001624,0.008692,-0.01169744,-0.01623922,0.00778872,-0.000265,-0.001825,-0.0019001,-0.007416,-0.001982751,0.005004991,-0.00531731,-0.0016925,-0.00011992,0.00199936
East_Iberia_B,0.116763,0.145573,0.040169,-0.000895,0.043895,-0.001604,-0.001487,0.000867,0.022104,0.030804,-0.002591,0.006740,-0.014299,-0.011302,0.007289,0.000120,-0.000935,0.000312,-0.000230,-0.000542,0.004739,-0.000805,-0.001543,-0.002186,0.000788
East_Iberia_A,0.120007,0.145737,0.082263,-0.001316,0.089309,-0.002924,-0.001069,0.003079,0.020969,0.033103,-0.003142,0.008077,-0.014740,-0.011730,0.009619,-0.002122,-0.004994,-0.001202,-0.000417,-0.000296,0.004234,-0.000314,-0.002809,-0.005270,0.000381
East_Iberia_C,0.116199,0.1470133,0.042622,-0.0028219,0.0400251,-0.0022293,-0.00053853,0.002461301,0.0193323,0.02958292,-0.0046045,0.0081411,-0.0148759,-0.01261152,0.0044135,0.0023003,0.0020513,0.00104947,0.00114143,-0.0044522,0.0004899,0.0006302,0.00123331,0.000321688,-0.00412023

---

He probado con diferentes muestras y salen estas distancias:

Eastern:

Spoiler!

Distance to: Spanish_Lleida
0.00941752 East_Iberia_B
0.01491038 East_Iberia_C
0.02373610 Western_Iberia_B
0.02691974 Western_Iberia_D
0.03052022 Western_Iberia_E
0.03163797 Basque_A
0.03202595 Western_Iberia_C
0.03353416 Basque_B
0.04642772 Western_Iberia_A
0.06066749 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Girona
0.01116991 East_Iberia_B
0.01130148 East_Iberia_C
0.02331176 Western_Iberia_B
0.02687795 Western_Iberia_D
0.02954441 Western_Iberia_E
0.03357175 Western_Iberia_C
0.03642537 Basque_A
0.03831498 Basque_B
0.04855111 Western_Iberia_A
0.06430813 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Valencia
0.00779094 East_Iberia_B
0.01767512 East_Iberia_C
0.01883999 Western_Iberia_B
0.02069110 Western_Iberia_D
0.02556653 Western_Iberia_E
0.02585434 Western_Iberia_C
0.03198599 Basque_A
0.03384954 Basque_B
0.04183555 Western_Iberia_A
0.05982125 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Baleares
0.00223491 East_Iberia_C
0.01171303 East_Iberia_B
0.01997956 Western_Iberia_B
0.02407843 Western_Iberia_D
0.02758723 Western_Iberia_E
0.03124550 Western_Iberia_C
0.04232371 Basque_A
0.04420709 Basque_B
0.04782465 Western_Iberia_A
0.06590279 East_Iberia_A

Western:

Spoiler!

Distance to: Spanish_Castilla_Y_Leon
0.01193487 Western_Iberia_D
0.01360119 Western_Iberia_B
0.01804285 Western_Iberia_C
0.01818413 East_Iberia_B
0.02223615 East_Iberia_C
0.02265828 Western_Iberia_E
0.04139337 Basque_A
0.04260967 Western_Iberia_A
0.04356889 Basque_B
0.06462447 East_Iberia_A

Distance to: Portuguese
0.00215020 Western_Iberia_B
0.01194192 Western_Iberia_D
0.01632717 East_Iberia_B
0.01694605 Western_Iberia_E
0.02033838 East_Iberia_C
0.02114406 Western_Iberia_C
0.04229840 Western_Iberia_A
0.04593788 Basque_A
0.04771698 Basque_B
0.06872349 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Galicia
0.01034111 Western_Iberia_B
0.01235382 Western_Iberia_D
0.01356108 East_Iberia_B
0.01860973 East_Iberia_C
0.01862241 Western_Iberia_E
0.02016102 Western_Iberia_C
0.04029513 Basque_A
0.04224250 Basque_B
0.04389929 Western_Iberia_A
0.06526292 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Extremadura
0.01217416 Western_Iberia_B
0.01232352 Western_Iberia_E
0.01411489 Western_Iberia_D
0.01831104 East_Iberia_B
0.02301056 East_Iberia_C
0.02358608 Western_Iberia_C
0.04440494 Western_Iberia_A
0.04735291 Basque_A
0.04889178 Basque_B
0.07198336 East_Iberia_A

Basque

Spoiler!

Distance to: Spanish_Cantabria
0.01641212 East_Iberia_B
0.02024273 East_Iberia_C
0.02617353 Western_Iberia_B
0.02725076 Western_Iberia_D
0.02741821 Basque_A
0.02875523 Basque_B
0.02967364 Western_Iberia_E
0.03401700 Western_Iberia_C
0.04489843 Western_Iberia_A
0.05884097 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_La_Rioja
0.03050839 East_Iberia_B
0.03280977 East_Iberia_C
0.03862719 Western_Iberia_B
0.03868322 Basque_B
0.03908129 Basque_A
0.04384741 Western_Iberia_E
0.04406935 Western_Iberia_D
0.04663041 Western_Iberia_A
0.04991557 Western_Iberia_C
0.05813044 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Navarra
0.01994365 East_Iberia_B
0.02565707 Basque_A
0.02626282 East_Iberia_C
0.02711916 Basque_B
0.02784291 Western_Iberia_B
0.02834226 Western_Iberia_D
0.03132992 Western_Iberia_E
0.03457069 Western_Iberia_C
0.04509970 Western_Iberia_A
0.05808274 East_Iberia_A

Distance to: Spanish_Pais_Vasco
0.00915077 Basque_A
0.01372674 Basque_B
0.03396780 East_Iberia_B
0.03907776 East_Iberia_C
0.04301052 Western_Iberia_D
0.04469127 Western_Iberia_C
0.04476237 Western_Iberia_B
0.04883642 Western_Iberia_E
0.05154616 East_Iberia_A
0.05360491 Western_Iberia_A

Yo creo que está bastante bien.Se puede quitar algún sample que no aporta nada a nadie, pero igual si se quita se descompensa todo.

¿Qué os parece?

Con según que sample individual, no funcionan tan bien esas sources, pero en general funcionan.

No tan bien como con los pop averages, porque obviamente la mayoría de los samples que usé para las medias, son de esa datasheet...

Probaré con mis coordenadas a ver que me da, debería darme algo similar a Cantabria/Aragón.

Me gusta lo que veo.:)

Tiene sentido, ¿No?

Spoiler!

Target: gixajo_scaled
Distance: 1.6559% / 0.01655887
44.6 Western_Iberia_B
25.4 Basque_B
15.2 East_Iberia_C
12.6 Basque_A
2.2 Western_Iberia_A

Distance to: gixajo_scaled
0.02028559 East_Iberia_B
0.02509074 East_Iberia_C
0.02621524 Western_Iberia_B
0.02876167 Western_Iberia_D
0.03186997 Basque_A
0.03332080 Western_Iberia_C
0.03341608 Basque_B
0.03374539 Western_Iberia_E
0.04430426 Western_Iberia_A
0.06041427 East_Iberia_A

Hala, yo ya terminé mis samples. Ahí queda eso, usadlos para cambiarlos o añadirles nuevos o como queráis.

El 90% de los posts de las últimas páginas son todos míos, me da hasta vergüenza, parezco Asperger con monotema.

Target: Xabier_scaled
Distance: 2.6268% / 0.02626830
53.4 East_Iberia_C
29.2 Western_Iberia_B
17.2 East_Iberia_B
0.2 East_Iberia_A

Quote:

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Originally Posted by gixajo

Me gusta lo que veo.:)

Tiene sentido, ¿No?

Spoiler!

Target: gixajo_scaled
Distance: 1.6559% / 0.01655887
44.6 Western_Iberia_B
25.4 Basque_B
15.2 East_Iberia_C
12.6 Basque_A
2.2 Western_Iberia_A

Distance to: gixajo_scaled
0.02028559 East_Iberia_B
0.02509074 East_Iberia_C
0.02621524 Western_Iberia_B
0.02876167 Western_Iberia_D
0.03186997 Basque_A
0.03332080 Western_Iberia_C
0.03341608 Basque_B
0.03374539 Western_Iberia_E
0.04430426 Western_Iberia_A
0.06041427 East_Iberia_A

Hala, yo ya terminé mis samples. Ahí queda eso, usadlos para cambiarlos o añadirles nuevos o como queráis.

El 90% de los posts de las últimas páginas son todos míos, me da hasta vergüenza, parezco Asperger con monotema.

---

Target: Juan_scaled
Distance: 2.6026% / 0.02602564
47.2 Western_Iberia_D
36.0 Western_Iberia_E
10.8 Western_Iberia_A
6.0 Western_Iberia_C

Distance to: Juan_scaled
0.02693757 Western_Iberia_D
0.02814198 Western_Iberia_E
0.03210017 Western_Iberia_C
0.03305533 Western_Iberia_B
0.03574008 East_Iberia_B
0.03802339 East_Iberia_C
0.04912878 Western_Iberia_A
0.05499325 Basque_A
0.05662888 Basque_B
0.07494868 East_Iberia_A