Genética de españoles e hispanoamericanos

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Originally Posted by Defcon2

K15:

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-- DIY Dodecad v 2.1 --------------------------------------
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-- Copyright (c) 2011 Dienekes Pontikos -------@@-----@@---
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-- More information: ---------------------------@@@@@@@----
----- Dienekes' Anthropology Blog -------------@@----------
-------- http://dienekes.blogspot.com ---------@@----------
----- The Dodecad Ancestry Project ------------@@@@@@@@@---
-------- http://dodecad.blogspot.com ----------------------
-----------------------------------------------------------

15 ancestral populations
184719 total SNPs
161 flipped SNPs
21410 heterozygous SNPs
429 no-calls
125024 absent SNPs
0.320844 genotype rate
mode genomewide

125453 SNPs missing (no-call or absent)

250 dQ: 3.022E-04 goal: 1.000E-07
500 dQ: 1.197E-04 goal: 1.000E-07
750 dQ: 4.688E-05 goal: 1.000E-07
1000 dQ: 2.052E-05 goal: 1.000E-07
1250 dQ: 1.528E-05 goal: 1.000E-07
1500 dQ: 1.120E-05 goal: 1.000E-07
1750 dQ: 8.245E-06 goal: 1.000E-07
2000 dQ: 6.147E-06 goal: 1.000E-07
2250 dQ: 4.657E-06 goal: 1.000E-07
2500 dQ: 3.865E-06 goal: 1.000E-07
2750 dQ: 3.291E-06 goal: 1.000E-07
3000 dQ: 2.830E-06 goal: 1.000E-07
3250 dQ: 2.455E-06 goal: 1.000E-07
3500 dQ: 2.145E-06 goal: 1.000E-07
3750 dQ: 1.888E-06 goal: 1.000E-07
4000 dQ: 1.671E-06 goal: 1.000E-07
4250 dQ: 1.488E-06 goal: 1.000E-07
4500 dQ: 1.331E-06 goal: 1.000E-07
4750 dQ: 1.195E-06 goal: 1.000E-07
5000 dQ: 1.078E-06 goal: 1.000E-07
5250 dQ: 9.760E-07 goal: 1.000E-07
5500 dQ: 8.863E-07 goal: 1.000E-07
5750 dQ: 8.072E-07 goal: 1.000E-07
6000 dQ: 7.371E-07 goal: 1.000E-07
6250 dQ: 6.748E-07 goal: 1.000E-07
6500 dQ: 6.191E-07 goal: 1.000E-07
6750 dQ: 5.692E-07 goal: 1.000E-07
7000 dQ: 5.244E-07 goal: 1.000E-07
7250 dQ: 4.839E-07 goal: 1.000E-07
7500 dQ: 4.472E-07 goal: 1.000E-07
7750 dQ: 4.140E-07 goal: 1.000E-07
8000 dQ: 3.837E-07 goal: 1.000E-07
8250 dQ: 3.561E-07 goal: 1.000E-07
8500 dQ: 3.309E-07 goal: 1.000E-07
8750 dQ: 3.078E-07 goal: 1.000E-07
9000 dQ: 2.866E-07 goal: 1.000E-07
9250 dQ: 2.671E-07 goal: 1.000E-07
9500 dQ: 2.492E-07 goal: 1.000E-07
9750 dQ: 2.327E-07 goal: 1.000E-07
10000 dQ: 2.174E-07 goal: 1.000E-07
10250 dQ: 2.033E-07 goal: 1.000E-07
10500 dQ: 1.902E-07 goal: 1.000E-07
10750 dQ: 1.781E-07 goal: 1.000E-07
11000 dQ: 1.668E-07 goal: 1.000E-07
11250 dQ: 1.564E-07 goal: 1.000E-07
11500 dQ: 1.466E-07 goal: 1.000E-07
11750 dQ: 1.376E-07 goal: 1.000E-07
12000 dQ: 1.292E-07 goal: 1.000E-07
12250 dQ: 1.213E-07 goal: 1.000E-07
12500 dQ: 1.140E-07 goal: 1.000E-07
12750 dQ: 1.071E-07 goal: 1.000E-07
13000 dQ: 1.007E-07 goal: 1.000E-07

13029 total iterations
9.999E-08 final dQ

----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------

19.45% North_Sea
31.42% Atlantic
2.33% Baltic
2.58% Eastern_Euro
25.54% West_Med
0.04% West_Asian
9.69% East_Med
2.29% Red_Sea
1.96% South_Asian
0.72% Southeast_Asian
0.00% Siberian
0.00% Amerindian
0.70% Oceanian
0.15% Northeast_African
3.13% Sub-Saharan

CPU time = 358.09 sec

Admixture calculation finished!

Uff tio... Vaya puta mierda. Que version tienes el chip? Tienes mas de una raw data para que puedas fusionar y asi tener una mas potente? Porque eso literal es lo que te esta jodiendo, el tener tan poca genotipacion.

Quote:

Originally Posted by Rocinante

Uff tio... Vaya puta mierda. Que version tienes el chip? Tienes mas de una raw data para que puedas fusionar y asi tener una mas potente? Porque eso literal es lo que te esta jodiendo, el tener tan poca genotipacion.

Pues el v5, hay sospechas de que la raw data de 23andme es una mierda según he leído, aunque también me han dicho que apenas cambiará si me hiciese la prueba con otra compañía. Solo tengo esta, hasta que no pase unos años y mejoren las estimaciones o añadan nuevas muestras no me haré otra prueba.

Quote:

Originally Posted by Defcon2

Pues el v5, hay sospechas de que la raw data de 23andme es una mierda según he leído, aunque también me han dicho que apenas cambiará si me hiciese la prueba con otra compañía. Solo tengo esta, hasta que no pase unos años y mejoren las estimaciones o añadan nuevas muestras no me haré otra prueba.

Ahora mismo, no cambiara en nada desde el cromosoma 1 al 22, que es lo que todos los chips de ILLUMINA traen hoy en dia, y todas las compañias principales trabajan con eso. Mi segunda raw data con MH es la misma que la tuya, y genotipaba pues casi igual a ti, tarde en darme cuenta de esto y lo que decidi fue fusionar las raw datas con los distintos SNPs, y ahora me genotipa mejor que nunca. Lo que cada compañia tiene diferente es el cromosoma X, el Y y el mtDNA (que cada compañia tiene sus propios SNPs diferentes para esta).

Lo mas probable es que por menos de 1/3 de genotipacion, tomes tus resultados con un margen de error no tan grande, ese % gitano que te sale puede ser mas ruido que otra cosa o mucho menor (que seria lo logico).

Igualmente intenta pasarlo a .CSV, que nada pierdes por hacerlo. Abre tu archivo .txt con excel y le das guardar como en fotmato comma separated (.CSV). Recomiendo a Xabi a hacer lo mismo que vi que tiene un caso parecido.

Quote:

Originally Posted by Rocinante

Ahora mismo, no cambiara en nada desde el cromosoma 1 al 22, que es lo que todos los chips de ILLUMINA traen hoy en dia, y todas las compañias principales trabajan con eso. Mi segunda raw data con MH es la misma que la tuya, y genotipaba pues casi igual a ti, tarde en darme cuenta de esto y lo que decidi fue fusionar las raw datas con los distintos SNPs, y ahora me genotipa mejor que nunca. Lo que cada compañia tiene diferente es el cromosoma X, el Y y el mtDNA (que cada compañia tiene sus propios SNPs diferentes para esta).

Lo mas probable es que por menos de 1/3 de genotipacion, tomes tus resultados con un margen de error no tan grande, ese % gitano que te sale puede ser mas ruido que otra cosa o mucho menor (que seria lo logico).

Igualmente intenta pasarlo a .CSV, que nada pierdes por hacerlo. Abre tu archivo .txt con excel y le das guardar como en fotmato comma separated (.CSV). Recomiendo a Xabi a hacer lo mismo que vi que tiene un caso parecido.

Mejora un poquito pero es irrelevante.

Code:

----------------------------------------------------------- -- DIY Dodecad v 2.1 -------------------------------------- ------------------------------------------------@@@@@@@---- -- Copyright (c) 2011 Dienekes Pontikos -------@@-----@@--- ------------------------------------------------------@@--- -- More information: ---------------------------@@@@@@@---- ----- Dienekes' Anthropology Blog -------------@@---------- -------- http://dienekes.blogspot.com ---------@@---------- ----- The Dodecad Ancestry Project ------------@@@@@@@@@--- -------- http://dodecad.blogspot.com ---------------------- ----------------------------------------------------------- 15 ancestral populations 184719 total SNPs 590 flipped SNPs 21410 heterozygous SNPs 0 no-calls 125024 absent SNPs 0.323167 genotype rate mode genomewide 125024 SNPs missing (no-call or absent) 250 dQ: 3.019E-04 goal: 1.000E-07 500 dQ: 1.205E-04 goal: 1.000E-07 750 dQ: 4.745E-05 goal: 1.000E-07 1000 dQ: 2.004E-05 goal: 1.000E-07 1250 dQ: 1.497E-05 goal: 1.000E-07 1500 dQ: 1.110E-05 goal: 1.000E-07 1750 dQ: 8.236E-06 goal: 1.000E-07 2000 dQ: 6.178E-06 goal: 1.000E-07 2250 dQ: 4.696E-06 goal: 1.000E-07 2500 dQ: 3.929E-06 goal: 1.000E-07 2750 dQ: 3.353E-06 goal: 1.000E-07 3000 dQ: 2.891E-06 goal: 1.000E-07 3250 dQ: 2.515E-06 goal: 1.000E-07 3500 dQ: 2.205E-06 goal: 1.000E-07 3750 dQ: 1.947E-06 goal: 1.000E-07 4000 dQ: 1.730E-06 goal: 1.000E-07 4250 dQ: 1.546E-06 goal: 1.000E-07 4500 dQ: 1.388E-06 goal: 1.000E-07 4750 dQ: 1.252E-06 goal: 1.000E-07 5000 dQ: 1.134E-06 goal: 1.000E-07 5250 dQ: 1.032E-06 goal: 1.000E-07 5500 dQ: 9.411E-07 goal: 1.000E-07 5750 dQ: 8.613E-07 goal: 1.000E-07 6000 dQ: 7.905E-07 goal: 1.000E-07 6250 dQ: 7.274E-07 goal: 1.000E-07 6500 dQ: 6.710E-07 goal: 1.000E-07 6750 dQ: 6.203E-07 goal: 1.000E-07 7000 dQ: 5.747E-07 goal: 1.000E-07 7250 dQ: 5.334E-07 goal: 1.000E-07 7500 dQ: 4.959E-07 goal: 1.000E-07 7750 dQ: 4.619E-07 goal: 1.000E-07 8000 dQ: 4.308E-07 goal: 1.000E-07 8250 dQ: 4.024E-07 goal: 1.000E-07 8500 dQ: 3.764E-07 goal: 1.000E-07 8750 dQ: 3.525E-07 goal: 1.000E-07 9000 dQ: 3.305E-07 goal: 1.000E-07 9250 dQ: 3.102E-07 goal: 1.000E-07 9500 dQ: 2.915E-07 goal: 1.000E-07 9750 dQ: 2.741E-07 goal: 1.000E-07 10000 dQ: 2.581E-07 goal: 1.000E-07 10250 dQ: 2.431E-07 goal: 1.000E-07 10500 dQ: 2.293E-07 goal: 1.000E-07 10750 dQ: 2.163E-07 goal: 1.000E-07 11000 dQ: 2.043E-07 goal: 1.000E-07 11250 dQ: 1.931E-07 goal: 1.000E-07 11500 dQ: 1.825E-07 goal: 1.000E-07 11750 dQ: 1.727E-07 goal: 1.000E-07 12000 dQ: 1.635E-07 goal: 1.000E-07 12250 dQ: 1.549E-07 goal: 1.000E-07 12500 dQ: 1.468E-07 goal: 1.000E-07 12750 dQ: 1.392E-07 goal: 1.000E-07 13000 dQ: 1.320E-07 goal: 1.000E-07 13250 dQ: 1.253E-07 goal: 1.000E-07 13500 dQ: 1.190E-07 goal: 1.000E-07 13750 dQ: 1.130E-07 goal: 1.000E-07 14000 dQ: 1.074E-07 goal: 1.000E-07 14250 dQ: 1.020E-07 goal: 1.000E-07 14350 total iterations 1.000E-07 final dQ ---------------------------- FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS: ---------------------------- 19.15% North_Sea 31.40% Atlantic 2.46% Baltic 2.63% Eastern_Euro 25.38% West_Med 0.05% West_Asian 9.84% East_Med 2.28% Red_Sea 1.99% South_Asian 0.91% Southeast_Asian 0.00% Siberian 0.00% Amerindian 0.64% Oceanian 0.13% Northeast_African 3.14% Sub-Saharan CPU time = 411.89 sec Admixture calculation finished!

Do i win?

Spoiler!

Target: Gil_Vicente
Distance: 1.5273% / 0.01527282
43.0 South_West_European
36.6 North_British_Isles
12.6 Anatolia_Caucasus_Iranian_Plateau
4.4 North_African
1.8 West_African
0.6 Océania
0.4 Central_Indian_subcontinent
0.4 East_European
0.2 South_Africa

Target: Gil_Vicente
Distance: 2.8491% / 0.02849051 | ADC: 0.25x
51.6 TUR_Barcin_N
34.6 Yamnaya_RUS_Samara
5.6 IRN_Shahr_I_Sokhta_BA2
5.4 LUX_Loschbour
2.8 MAR_Taforalt

Target: Gil_Vicente
Distance: 1.9586% / 0.01958618
93.2 Iberian
5.0 Iranian
1.8 SSA

Quote:

Originally Posted by Defcon2

Mejora un poquito pero es irrelevante.

Code:

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Si, la verdad es que mejora nada, era lo que me suponia porque ya lo he intentado, pero hombre, nada se perdia por que lo intentaras.

Nasbín presumiendo de ser más norteño y tener menos SSA que los egipcios:

https://anthrogenica.com/showthread....l=1#post695762

Cuánto tardará en ser baneado? abro la porra, yo digo que dentro de tres días estará fuera, es decir fecha hasta el día 30 a las 23:59.

Quote:

Originally Posted by Defcon2

Nasbín presumiendo de ser más norteño y tener menos SSA que los egipcios:

https://anthrogenica.com/showthread....l=1#post695762

Cuánto tardará en ser baneado? abro la porra, yo digo que dentro de tres días estará fuera, es decir fecha hasta el día 30 a las 23:59.

Que terco es, impresionante a los niveles que llega el de andar defendiendo lo indefendible, y andar discutiendo a sobremaneras incluso en un foro tan serio como Anthrogenica. Nada, a ese le disparan como le hicieron a GASKA que era lo mismo pero version euskalduna.

Quote:

Originally Posted by Defcon2

Nasbín presumiendo de ser más norteño y tener menos SSA que los egipcios:

Cuánto tardará en ser baneado? abro la porra, yo digo que dentro de tres días estará fuera, es decir fecha hasta el día 30 a las 23:59.

Yo le saludé ayer en Anthrogenica, y estaba majo, pero al final la cabra tira al monte y ha vuelto con sus obsesiones.

Se olvida que él no es la mejor referencia para definir a un Marroquí genéticamente, no está muy en la media general de su país, es poco representativo.

Quote:

Originally Posted by Rocinante

Que terco es, impresionante a los niveles que llega el de andar defendiendo lo indefendible, y andar discutiendo a sobremaneras incluso en un foro tan serio como Anthrogenica. Nada, a ese le disparan como le hicieron a GASKA que era lo mismo pero version euskalduna.

Anthrogenica no es TA,se lo avisé...:picard1: